En algunos casos se puede abrir un terminal e intentar hacer sudo ./script-o-aplicación en el pendrive
Si no funciona, se puede intentar hacer bash o sh ./script-o-aplicación en el pendrive (con o sin sudo)
Pero una forma definitiva, que funciona en linux mint / ubuntu, es el siguiente cambio:
sudo sed -i -e 's|showexec|\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00|g' /usr/lib/udisks/udisks-daemon
Se recomienda hacer backup de udisks-daemon por las dudas... este cambio sobrevive al reset, y muestra como ejecutables los scripts o aplicaciones de linux directo en el pendrive.
Fuente: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1665289&p=10359798#post10359798
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